Silverlight や Flash などのアプリケーションが提供されたドメインと異なる URL の Web サービスを使用するには「ドメイン間ポリシーファイル」が「Web サービス側」に配置されている必要があります。(Silverlightドメイン間ポリシー(clientaccesspolicy.xml)や Flashドメイン間ポリシー(crossdomain.xml))
イントラネットワーク内のサイトで提供している Web サービスでも同様でドメイン間ポリシーファイルを配置する必要がありますが、配置する場所は必ずホスト名直下の URL で取得できる位置に配置する必要があります。(例:http://<サーバー名>/clientaccesspolicy.xml など)
IIS などで同じポートで複数のアプリケーションを配置するために Default Web Site の下にアプリケーションを作成する場合があると思いますが、その場合も個々のアプリケーションごとにドメイン間ポリシーファイルを配置するのではなく、Default Web Site が使用している物理フォルダ (デフォルト「C:inetpubwwwroot」)に配置する必要があります。
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